Los orígenes de Santa Cecilia, asentada en la ladera sureste del castillo son del todo confusos, si bien es cierto que desde mediados del siglo XI en el Testamento de Doña Ofresa aparece fidedignamente citado el barrio de Santa Cecilia de Aguilar.
Por sus características estilísticas y formales, la mayoría de especialistas coinciden en encuadrar la construcción de Santa Cecilia entre la segunda mitad del siglo XII y principios del XIII, muy probablemente como parroquia de ese citado barrio homónimo; núcleo germinal de la villa al abrigo del castillo que, posteriormente, en tiempos de paz, iría expandiéndose por las mucho más fecundas vegas circundantes al monasterio de Santa María la Real.
Declarada Monumento Histórico Artístico en 1963, en esa misma década fue sometida a unas obras de restauración centradas principalmente en la consolidación del terreno sobre el que se asienta, el cual, por su notable inestabilidad, ponían al templo en evidente riesgo de derrumbe.
La ermita de Santa Cecilia de Aguilar, en su actual apariencia, es según la mayoría de estudiosos el resultado de tres campañas constructivas: una primera de la segunda mitad del siglo XII en el que el templo se compondría de una sola nave, ábside semicircular y torre adosada al muro sur.
Poco después, durante la primera mitad del siglo XIII se ampliaría el espacio eclesial a tres naves, se abriría su nueva portada meridional y se recrecería la preexistente nave central.
Por último, ya durante la Edad Moderna, se reedificaría el ábside central (seguramente debido a un derrumbe del semicircular preexistente motivado por la citada inestabilidad del terreno), para lo cual, se aprovecharían incluso parte de sus sillares primitivos.
Nos hallamos ante una construcción de tres naves canónicamente orientadas que rematan en una cabecera de testero recto de la que tan solo sobresale en planta la central, la cual, como ha quedado dicho, vendría a sustituir a una primitiva semicircular.
La cabecera correspondiente a la nave norte, no manifestada al exterior en planta, se anima mediante un bonito ventanal de dos arquivoltas de medio punto que descansan sobre columnas acodilladas culminadas en capiteles vegetales relacionados con los existentes en el no lejano monasterio de San Andrés de Arroyo.
En una de las cestas de dicho ventanal, sin embargo, se aprecia una composición figurada en la que un guerrero alancea un animal fantástico, escena esta que se ha revelado de gran interés al aparecer labrado sobre el escudo del guerrero el emblema de la importante familia nobiliaria de los Lara, pudiendo especularse sobre su posible patrocinio o mecenazgo en la construcción del templo.
En el muro sur se abre su portada principal, realizada durante la ampliación del siglo XIII siguiendo cánones estéticos andresinos. Presentada sobre un cuerpo en resalte bajo tejaroz, consta de cuatro arquivoltas apuntadas y baquetonadas que apean sobre un ábaco corrido sobre los capiteles, todos ellos de idéntica decoración a base de carnosas hojas de remates avolutados. Las columnas, acodilladas y de fuste cilíndrico, se elevan sobre basas dispuestas sobre un prominente pódium.
Con motivo de la vista a la exposición Mons Dei de las Edades del Hombre que acoge Aguilar de Campoo, hemos podido disfrutar del interior de la iglesia de Santa Cecilia que con la Colegiata de San Miguel, son las dos sedes de la exposión.
El interior de la iglesia de Santa Cecilia está formado por tres naves (de tres tramos cada una) se separan entre sí mediante arcos doblados apuntados que descansan sobre potentes pilares de sección rectangular a los que, por sus lados mayores, adosan las columnas de los formeros.
El cuerpo de naves cubre mediante una rehecha techumbre a dos aguas que sustituiría su primitiva cubierta también de madera. El tramo recto presbiterial sí conserva su abovedamientos original de cañón apuntado, mientras que el ábside central se resuelve mediante una solución de crucería nervada de carácter tardío.
El arco triunfal de ingreso al presbiterio, doblado y de perfil apuntado, descansa sobre sendos capiteles: el del lado de la epístola vegetal, de finísima traza y recorrido en su ábaco por varias arpías pasantes; y el del lado del evangelio que, sin lugar a dudas, se trata de uno de los capiteles más interesantes del románico palentino.
Representa este capitel el episodio de la Matanza de los Inocentes, apareciendo en una escena corrida a lo largo de sus tres caras visibles cinco soldados ataviados con cota de malla ejecutando otros tantos infantes ante la presencia impotente de sus madres, las cuales, manifiestan su gesto de desconsuelo llevando las manos a sus rostros.
En uno de los ángulos de la cesta es perfectamente reconocible la efigie de Herodes; coronado, vestido con túnica y que mientras con un dedo de su mano izquierda realiza un autoritario ademán que lo identifica como instigador de la escena, con la mano derecha clava su espada en el costado de uno de los inocente
Mientras que estos finísimos capiteles del arco triunfal pertenecen a un aventajado taller identificado por algunos especialistas con la misma mano que trabaja en el claustro del Monasterio de Santa María la Real, el resto de capiteles del templo, si bien interesantes, no llegan a alcanzar la maestría de los descritos.
En ellos, además de los típicos repertorios geométricos y vegetales a base de acantos, pencas, zarcillos entrelazados y perlados, son visibles varias composiciones figuradas como luchas entre soldados o entre soldados y leones, el tema de la venta de José y, mucho más conocido, el episodio del Sacrificio de Isaac.